《财政部中小企业发展专项资金管理暂行办法》(财建〔2015〕458号)，第四条规定，专项资金的管理应当遵循公开透明、公平公正、突出重点、加强监督的原则，实行专款专用，专项管理，确保资金使用规范、安全和高效。《山东省省级财政专项资金管理暂行办法》(鲁政办发〔2014〕35号)第十九条规定，专项资金应当专款专用，
从上能够准确的看出，对专项资金的使用管理，都突出了“专款专用”，不得挤占挪用。
2019年12月，山东省某机关对其管理的某项专项资金，采用听取汇报、查阅会计资料、查看现场等方式开展了综合绩效评价工作。
本次专项资金的绩效评价，共涉及五家使用单位，其中四家企业、一家事业单位。本次专项资金绩效评价中，评价内容有评价资料(5分)、实施周期(5分)、研究内容(10分)、技术指标(30分)、绩效指标(25分)和财务审计(25分)6个部分。其中对专项资金财务审计的基础要求为：专项资金做到专款专用，独立核算；专项资金经费支出合理、规范；如存在挤占、挪用专项经费或经费支出存在违规现象的项目财务审计为零分。
通过检查，五家单位对专项资金财务审计部分均存在不同程度的违规现象，详细情况如下：专项资金未能独立核算。5家单位收到专项资金直接计入收入，均未设置专项资金核算专户。专项资金列支所依据资料不完整。3家单位对财政资金购买的材料费列支依据仅为材料采购发票、入库单等，材料费列支除依据发票、入库单外，还应附材料领用单、消耗凭据等作为材料费列支依据。
为了保证专款专用，企业可通过“专项应付款”科目(行政事业单位能够最终靠“其他应该支付款”)核算，具体核算如下：收到财政专项款项时，结合实际收到金额作出如下分录：
开始对相关长期资产计提折旧或摊销时开始将递延收益分期计入损益，应作如下会计分录：
如根据专项财政资金的使用上的要求用于购买材料、支付工资、列支经费等支出，会计分录如下：
客观情况表明企业能够很好的满足政府补助所附条件，企业将补助确认为递延收益并在确认相关联的费用和损失的期间，计入当期损益或冲减相关成本。
通过“专项应付款--xx项目”这个科目，完整反映了财政专项资金的来龙去脉，保证了专项资金的“专账核算”“专款专用”。
需要特别指出的是，企业某个时点的货币资金余额，应大于该时点的专项应付款总额，否则有被认定为挤占挪用专项经费的风险。
财政专项资金的经费支出，包括购买固定资产、非货币性资产、原材料，支付差旅费、会议费、劳务费等。各项支出要保证真实性、合法性、关联性，但各项支出的审核要点不一样，详细情况如下：
对于财政专项资金的经费支出范围会明确购买固定资产、非货币性资产等长期资产的，对于金额达到一定标准的须通过公开对外招标或者政府采购方式购买。支付长期资产购置费用必须附有符合标准要求的票据，履行相关的长期资产验收手续。
购买用于试验或生产的材料，除附有符合相关规定的票据、验收入库单等资料，还应附材料领用单、消耗凭据等作为材料费列支依据，否则就没办法判断购置的材料用于专项资金项目上，有被认定挤占挪用的风险。
报销差旅费，差旅费报销单项目填写齐全，所附的车票与出差目的地相符，餐饮、住宿、交通费发票应为出差地的发票。提请注意的是出差人员的住宿标准、车票机票报销标准不应超过国家规定的标准，否则有一定的概率会被认定挤占专用资金。
会议费报销分为外出参会和本单位组织会议两种方式，符合标准要求的审批和票据是两种方式的会议费报销的必要条件。外出参会，应附有会议组织方的会议通知；列支本单位组织的会议费，应有会议议题、参会人员签到表等资料，必要时可附相应的会议照片作为会议真实性的佐证。
用财政专项资金支付有关人员的劳务费，应附有人员姓名、身份证号码、联系方式等基础信息，支付金额达到劳务报酬个人所得税起征点的，应依法代扣代缴个人所得税。
财政专项资金对外支付，除小额零星支出外，应杜绝现金支付，形成以转账支付为单位首选财务结算方式的理念。采用银行转账支付方式最大的优点是支出途径清晰，安全快捷，可以有效控制不合理支出，避免大量使用现金形成管理上的诸多问题。采用银行转账支付时，应严格按照发票等票据上的收款公司名称支付，不得将应支付给单位款项支付给自然人，减少被认定为虚开发票的风险。
随着社会主义法治化的不断推进，国家对财政专项资金的管理越来越严，财政专项资金使用单位应严格执行财经纪律，对专项资金设立专账核算，把好资金支出关，提倡专项资金银行转账支付，提高专项资金使用效益。
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